有明海は、福岡県、佐賀県、長崎県、熊本県に囲まれた九州最大の内湾で、干満の大きさ、流入河川の多さと日本最大の干潟を有し、独自の生物相を有しています。本県の海域では、浅海干潟域でのアサリ、ハマグリなどの採貝漁業やノリ養殖漁業、クルマエビ、クチゾコ、スズキなどの流し網、刺網漁業などが営まれています。
八代海は、九州本島と宇土半島、天草諸島に囲まれた閉鎖的な内海で、不知火（しらぬい）海とも呼ばれ、湾奥部の浅海域ではアサリなどの採貝漁業、湾中部から南部ではタイ、タチウオ、イワシなどの吾智網、船びき網、打瀬網漁業が営まれています。また、穏やかな入り江などでは、マダイ、ブリ、クルマエビなどの養殖業も営まれています。
天草灘は、熊本県西部、天草下島の西に広がり潮流が強く、風波が強い海域で、北は長崎県の野母崎、五島列島、南は黒ノ瀬戸、長島海峡と隣接しています。対馬暖流の影響を受け、アジ、サバ、イワシのほか、カツオ、シイラ、タイ、イカなどの好漁場で、まき網、刺網、小型機船底びき網などが盛んに行われています。また、穏やかな入り江などでは、魚類、真珠などの養殖業も営まれています。
